Nell'anno 1091 i duchi di Zähringen costruirono un castello sullo Schlossberg, dopo 30 anni vennero riconosciuti al piccolo insediamento che si era formato alle pendici del monte i diritti di mercato, e il mercato si espanse rapidamente grazie alla vicinanza di importanti strade commerciali. La posizione geografica molto favorevole e la presenza di numerose miniere di argento nella Foresta Nera garantirono alla città un certo benessere e una rapida crescita. Nel 1200, sotto Berthold V di Zähringen cominciò la costruzione della chiesa parrocchiale in stile gotico, il Münster di Friburgo. Nel 1218 Berthold V, l'ultimo degli Zähringen morì. Fino al 1368 dominarono la città i conti di Urach ma seppero rendersi molto impopolari al punto che dopo 150 anni la popolazione di Friburgo si liberò di loro pagando 15.000 marchi d’argento e scelse di mettersi sotto la protezione della casa d’Asburgo. Friburgo si oppose alla Riforma protestante e divenne quindi un importante roccaforte cattolica nella regione dell'Alto Reno.
Nel 1520 ospitò il vescovo di Berna e nello stesso periodo anche Erasmo da Rotterdam soggiornò per alcuni anni nella città. La città prosperò fino al 1677, quando le truppe francesi di Luigi 14° la occuparono per vent’anni. Ritornaro poi gli Asburgo che, tranne un secondo, breve intermezzo francese, la governarono sino al 1805 quando entrò a far parte del granducato del Baden. Nel corso della Seconda Guerra Mondiale la città subì dei danni rilevanti, il 27 novembre 1944 un pesante bombardamento rase al suolo l'intera parte settentrionale della città vecchia e gran parte di quella occidentale. La città venne ricostruita rispettando la planimetria originale anche se furono ricostruiti in modo fedele solo gli edifici pubblici o di particolare valore storico.
