È l'antica Divio, importante come crocevia delle strade che collegavano la Francia settentrionale al Mediterraneo (da Magonza a Lione). Dopo la dominazione romana, fece parte del regno dei Burgundi e ricomparve nella storia nel 1015 qiuando il Re di Francia Roberto il Pio la diede in feudo al figlio Enrico crandola capitale del nuovo Ducato di Borgogna. Digione raggiunse una grande importanza artistica e culturale quando vi si formò, nel 14° secolo, il gruppo artistico noto come Scuola di Digione: grazie al mecenatismo di Filippo l'Ardito (1364-1404) e di Giovanni Senza Paura (1404-1419) e alle particolari relazioni politiche del ducato, a Digione si attuò un'originale sintesi del gotico francese con il nascente realismo borghese delle Fiandre e con il gotico italiano mediato dalla Provenza. Negli ateliers che sorsero per i lavori dell'abbazia di Champmol e del palazzo di Germolles si definirono le tipologie caratteristiche della scultura di Digione.
La città (così come tutta la regione) passò alla Corona di Francia sotto Luigi XI, nel 1477, alla morte di Carlo il Temerario nella battaglia di Nancy. Fu fortificata dai duchi prima e da Carlo VIII e Luigi XII poi. Nel 1513 resistette all'assedio delle truppe imperiali guidate da Massimiliano d'Asburgo grazie ad un furbo espediente del Governatore La Trémoille: egli offrì agli assedianti svizzeri e tedeschi grandi quantitativi di vino come preliminari alle trattative.... Nei secoli 18° e 19° Digione che con al fine della dinastia dei Valois aveva perso importanza, si riprese ed alla fine del 1700 era giudicata una bella città con case vecchie ma strade larghe, ben pavimentate e munite di marciapiedi, cosa rara nella Francia del tempo. Nel 1870, durante la guerra franco-prussiana fu occupata dai Tedeschi e nel 1871 in sua difesa accorse anche Garibaldi con i suoi volontari. Nel 1944 fu nuovamente assediata.
